In 1646, 66 jaar na de “Reformatie” die ook wel “Hervorming” wordt genoemd, vestigde de Jezuïetenpater Petrus Codde zich definitief in een tot kerkje en pastorie omgebouwde oude bierbrouwerij aan de Ballumerweg in Nes. Dit was het begin van de statie St. Clemens.

In 1853, bij het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie, werd de statie op Ameland een parochie. In 1878 werd in Nes door bouwpastoor Otgerus Scholten (1859-1911) en onder leiding van de bekende architect Pierre Cuypers, een nieuwe kerk met pastorie gebouwd aan de weg van Nes naar Buren. In 1960 volgde een grote uitbreiding met twee zijkapellen en een nieuwe pastorie. Deze kerk brandde in 2013 af en na herbouw werd de gerestaureerde kerk ingewijd in 2018. De pastorie is thans in gebruik als logeer- en bezinningshuis en kreeg de naam “Ny Foswerd”, naar het vroegere klooster Foswerd wat later werd overgeplaatst naar Ferwerd.

Vanuit de kerk stichtte men in 1950 een eigen lagere school, genoemd naar de grote Amelander zoon Kardinaal De Jong en een kleuterschool. Beide zijn 1980 samengesmolten tot de basisschool. De parochie bracht tot nu toe 14 religieuzen voort: 4 wereldheren, 2 ordepriesters, 1 broeder en 1 frater en 6 zusters.

De parochie St. Clemens is per 1 januari 2020 toegetreden tot de fusieparochie Pax Christi, bestaande uit de voormalige parochies H. Martinus en H.H. Bonifatius en Gezellen te Dokkum, de H. Martinus te Burgum en de statie St. Egbert op Schiermonnikoog. Binnen deze fusieparochie heeft Ameland een eigen status gekregen en werd de parochie omgevormd tot rectoraat St. Clemens. Het rectoraat is binnen het grondgebied van de parochie Pax Christi dus een zelfstandig “staatje” met een eigen priester/rector en een eigen kerkbestuur dat zorgt voor de gebouwen, het kerkhof, de financiën en de administratie. De parochies in Friesland, Groningen, Drenthe en de N.O.P. vallen onder het bestuur van de bisschop van het bisdom Groningen-Leeuwarden.